花椒具有温中健胃、散寒除湿、解毒杀虫、理气止痛的作用，可用于治疗积食、停饮、呃逆、嗳气呕吐、风寒湿邪所致的关节肌肉疼痛、脘腹冷痛、泄泻、痢疾、蛔虫、蛲虫、阴痒等病症。
花椒的果皮中含有挥发油，具有局部麻醉和镇痛作用，并有虫作用，可作驱蛔剂，花椒对各种杆菌和球菌均有明显的抑制作用。
花椒与小茴香同炒研末，每天服用一小匙，可治老年人腰疼腿软。
花椒、乌梅水煎服，可治胃肠道和胆道蛔虫。